|
|
Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...
|
|
|
Genotypová analýza lidského cytomegaloviru u pacientů po allogenní transplantaci kmenových buněk krvetvorby.
Javornická, Tereza ; Hubáček, Petr (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
U pacientů po alogenní transplantaci hematopoetických kmenových buněk (HSCT) je lidský cytomegalovirus (CMV) jedním z nejzávažnějších virových patogenů. Jeho bližší určení by mohlo poskytnout informace o vlivu jednotlivých CMV genotypů na celkové přežití pacienta a některé závažné komplikace, jako je například reakce štěpu proti hostiteli (GvHD). Tato diplomová práce se zabývá retrospektivní genetickou analýzou 1877 vzorků od pacientů transplantovaných na Klinice dětské hematologie a onkologie FN Motol a Ústavu hematologie a krevní transfúze od roku 2002. DNA z biologických vzorků (především plné krve) byla izolována kitem Qiagen Blood DNA Mini, případně Qiagen DNA Mini a ve vzorcích byla prospektivně detekována přítomnost CMV DNA. Vzorky byly následně uchovány při -20 řC. Genotypizace byla provedena pomocí real-time PCR technologie zaměřené na geny 2 strukturních proteinů glykoproteinu B a glykoproteinu H za použití sekvenčně specifických primerů a sond. U 1343 vzorků (71,6 %) od 390 pacientů jsme prokázali infekci pouze jedním kmenem CMV, u 256 (13,6 %) vzorků od 113 pacientů jsme prokázali smíšenou infekci, způsobenou dvěma a více kmeny CMV. Nejčastěji prokázaný genotyp v "single" infekci byl u dětských i dospělých pacientů gB1/gH2 detekovaný u 118 (28,4 %) pacientů. Nejčastěji prokázanou...
|
|
|
Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...
|
host ::
RSS.